Koleksioni ikonografik që ky muze posedon, është një nga më të mëdhenjtë në numër rreth 6.500 ikona. Kjo trashëgimi që ruhet, mbrohet e studiohet është një prej akteve më kurajoze e të qytetëruara të atyre që benë të mundur shpëtimin e saj dhe krijimin me to të Muzeut Kombëtar të Artit Mesjetar.
Muzeu ka në sallën e ekspozitës permanente rreth 200 objekte arti, disa laboratorë ekzaminimi e konservimi, mjediset e fondeve dhe një infrastrukturë modeste mikroklimaterike. Në ekspozitë paraqiten një pjesë e veprave më të mira mesjetare nga periudha e autorë anonimë apo të paidentifikuar.
Midis tyre dallohen ikonat e shek. 13-14, duke vijuar më pas me kryeveprat e kryemjeshtrit si Onufri, Nikolla, vëllezërit Zografi e bijtë e tyre, mësues Kostandini, Onufër Qiprioti, Simoni i Adrenicës, si dhe të tjera vepra e autorë që kanë punuar në viset shqiptare e jashtë tyre. Në mes të këtij koleksioni janë rreth 150 autorë ikonografë shqiptarë dhe të huaj të zbuluar deri sot.Drejtimet kryesore të aktivitetit të muzeut janë ekspozimi dhe promovimi publik, mbrojtja, konservimi dhe restaurimi i objekteve, studimi e puna shkencore e aktiviteti ndërkombëtar. Hapur: E Hënë – E Premte
Hyrja: 200 lek